Das Kloster Magdenau hat alle Wirren der Geschichte überdauert – von den Reformationskriegen (1529–1532 wurden die Nonnen zeitweise vertrieben) über die Plünderung im Toggenburgerkrieg 1712 bis zu den Säkularisationstendenzen um 1800. Immer wieder wurde das klösterliche Leben erneuert, etwa 1532 unter Äbtissin Afra Schenk, und das Kloster passte sich den Zeiten an. 1798 verlor der Weiler Magdenau seine autonome Gerichtsbarkeit und wurde Teil der politischen Gemeinde Degersheim. Im 19. Jahrhundert sah sich das Kloster mancher Schikane der Behörden ausgesetzt und musste einen Großteil seines Landbesitzes veräußern. Dennoch blieb die klösterliche Gemeinschaft bestehen. 1913 lebten über 70 Schwestern in Magdenau – der historische Höchststand. Nach dem Zweiten Weltkrieg modernisierte Äbtissin Maria Anna Markwalder die Anlagen, schloss das Kloster an das Elektrizitätsnetz an und förderte klösterliche Werkstätten (etwa Paramentenstickerei und Buchbinderei). 1953 entstand eine neue, moderne Klosterkirche. Heute beherbergt Magdenau noch eine kleine Schwesterschaft, welche die Tradition in moderner Form weiterführt. Sieben Zisterzienserinnen leben aktuell in klösterlicher Gemeinschaft, vereinen Gebet und Arbeit im Alltag und pflegen die berühmte Gastfreundschaft von Magdenau. Zum Klosterhof gehören ein landwirtschaftlicher Betrieb, eine Sägerei, das historische Gasthaus Rössli und die alte St.-Verena-Kapelle – letzteres ein romanisches Kleinod aus dem 10./11. Jahrhundert, das heute gern für Trauungen und Taufen genutzt wird. Die gesamte Baugruppe Magdenau – Klosteranlage, Kapelle und Nebengebäude – steht als Kulturgut von nationaler Bedeutung unter Denkmalschutz. Wer sich Magdenau nähert, gerät unweigerlich in den Bann dieser abgeschiedenen Oase: Hier begegnen sich Natur und Kultur, Geschichte und Gegenwart, Mensch und Gott in einzigartiger Atmosphäre.